run operation in each N seconds, Выполнение скрипта в произвольный промежуток времени

Если вы хотите выполнять какой-то скрипт раз в 3 секунды, при условии что время выполнения не превышает как раз этих трёх секунд, можно использовать возможность форка процесса в php

while (true) {
    sleep(3);
    $pid = pcntl_fork();
    if ($pid != 0) {
        echo "dom some work\n";
        break;
    }
}

Вы можете настроить время, которое вам нужно. Помните, что цикл бесконечный и когда то нужно будет его остановить, если это требуется.